前作から３年　─
ついに、ビアとマグレガーが結婚することに！ここ湖水地方で、ピーターはビアとマグレガーと“家族”として仲良く暮らすはずが、父親気取りのマグレガーに叱られ続け、イライラの毎日。元々マグレガーとは犬猿の仲で、ピーターの父親をパイにして食べた因縁の一族のひとりという遺恨もある。「あんなヤツ、父親じゃない！こんな生活ウンザリだ！」我慢の限界を超えたピーターは、湖水地方を飛び出し大都会へ家出してしまう──。

そこで出会ったのは、
ピーターの父親の親友だったと語るバーナバス。都会でタフに生き抜くバーナバスに父親のような頼もしさを感じるピーター。しかし、人間に恨みを抱くバーナバスは、人家の冷蔵庫から野菜や果物を盗み、都会の動物たちを組織して、人間への復讐の機会をうかがっていた。ある日、バーナバスはイギリス中から市場に集まった最高級ドライフルーツの強奪作戦を計画。

認めてもらいたいピーターは、
湖水地方の妹や動物の仲間たちをメンバーに加えて作戦に参加する。作戦が成功したかに見えたその時、人間に捕まってしまう妹や仲間たち−−。最大の危機にピーターの前に現れたのは…まさかのマグレガー!?